به نظر می رسد كه از همین ابتدا اختلاف فزاینده ای میان خمینی (كه برخواستهایش برای تصفیه نفوذ خارجی از جامعه ایرانی و اسلامی كردن كامل جامعه هرچه بیشتر پافشاری می كند) و بازرگان كه سعی دارد همه را راضی كند ( ولی مؤثر نیست) وجوددارد.
به گزارش مشرق، «جوانهای عزیز! اسناد درس آموز لانه جاسوسی را بگیرید و بخوانید... دانشجویانی كه آنجا را گرفتند و فهمیدند كه لانه جاسوسی است با زحمت زیاد آن را استحصال كردند... اینها نشان میدهد كه امریكاییها در هنگام اوج نهضت و پیروزی انقلاب دائم درحال توطئه علیه جمهوری اسلامی بودهاند؛ آمریكا این است.» این بخشی از توصیه رهبر معظم انقلاب در دیدار دانشجویان و دانشآموزان به مناسبت ۱۳ آبان سالروز تسخیر سفارت آمریكا (لانه جاسوسی) است. بر همین اساس مركز اسناد انقلاب اسلامی از این پس به صورت روزانه، اقدام به انتشار اسناد استحصال شده از سفارت آمریكا میكند.
در سند زیر كه جز اسناد به دست آمده از لانه جاسوسی آمریكا است نشان می دهد كه از همان ابتدا اختلافات زیادی ما بین بازرگان و امام خمینی وجود داشت. متن كامل سند به شرح ذیل است:
سلام دوستان وسروران عزیز
به وبلاگ خودتان خوش آمدید امیدوارم لحظات شادی داشته باشید لطفا پس از خواندن و مشاهده هر مطلب نظرات خود را مرقوم فرمایید. متشکرم